核爆弾の密売に関わる囮捜査中に一人のCIAエージェントが殺されてしまう。彼なしでは、ここまで積み上げてきた捜査が水泡に帰してしまう。CIAのゲイロード（アンソニー・ホプキンス）は生まれてすぐに生き別れとなった双子の弟ジェイク（クリス・ロック）を…

ある夜、日本の警察に侵入したスパイが世界中の組織の機密データを持ち出そうとするも失敗。公安警察の安室透とFBIの赤井秀一の追跡によって、スパイの車は道路のはるか下へ転落する。次の日、東都水族館に遊びにきていたコナンたちは、ケガをした美しい女性…